Som spelare var Magnus Haglund tredjemålvakt i Halmstads BK. Han var senare utbildningsansvarig i Halmstad innan han via Laholms FK i division 2 tog över som tränare i allsvenska IF Elfsborg inför säsongen 2004.[3] Under några år undervisade han i idrott på Falkenbergs Gymnasieskola. 2006 ledde han IF Elfsborg till klubbens första SM-guld på 45 år tillsammans med Peter Wettergren.[4]
Haglund anställdes på nytt av Elfsborg 2015 men blev den 27 september 2017 entledigad från sin roll som tränare.[5] Den 7 maj 2019 blev Haglund klar som ny tränare i Halmstads BK.[6]Säsongen 2020 ledde han klubben till en förstaplats i Superettan, vilket innebar uppflyttning till Allsvenskan för HBK.[7]
Efter en rad dåliga resultat fick Haglund sparken av HBK den 27 augusti 2024[2]