Patogen (fra græsk: παθογένεια, pathogeneia, "ophav til lidelse") betyder: sygdomsfremkaldende. Man omtaler organismer eller substanser som patogene, hvis de fremkalder sygdom. Tilsvarende omtales samme agent som et patogen.

En sygdoms fysiologiske udvikling kaldes patogenese.

• Bakterier
  • Salmonella – maveonde
  • Yersinia pestis – pest
• Parasitter (snyltere)
  • Plasmodium falciparum – malaria
• Prioner
  • BSE – kogalskab
  • CJD – Creutzfeldt-Jakobs sygdom
• Virus
  • Coronavirus
  • HIV – Aids
  • Rabies virus – Hundegalskab

• ICD-10 Kapitel I - Infektiøse inkl. parasitære sygdomme (WHO's liste)
• Komplementsystemet
• Mikrobiom
• Naturligt reservoir