Fernández började sin tävlingskarriär inom motorcykelsport vid elva års ålder. Säsongen 2016 blev han trea i Red Bull MotoGP Rookies Cup. Han vann också ett heat i junior-vm i Moto3 och gjorde VM-debut i Valencias Grand Prix. Säsongen 2017 bjöd inte på några framstående resultat, men 2018 blev Fernández juniorvärldsmästare i Moto3. Till säsongen 2019 blev han ordinarie förare i Moto3-klassen där han körde en KTM för Aspar Team. Fernández fortatte i Moto3-klassen 2020, men nu för Ajo Motorsport.