KAS Eupen bildades 1945 efter sammanslagningen av Jugend Eupen och FC Eupen 1920.
Säsongen 2010-11 nådde man för första gången den belgiska högstaligan.
I juni 2012 köptes klubben av regeringen i Qatar och dess Aspire Zone Foundation, som också äger Paris Saint-Germain. Aspire Academy meddelade att de hade för avsikt att använda klubben som en språngbräda ut till europeisk fotboll för sina akademiker i Afrika, Sydamerika och Asien.