Pierwszym klubem piłkarskim w karierze Seo był Ulsan Hyundai Horang-i, do którego trafił w 2001. W Ulsan grał do końca kariery w 2008 (przerwą na służbę wojskową w klubie Gwangju Sangmu Bulsajo w latach 2004-2005). Z Ulsan zdobył K-League Cup w 2006.