Organ naczelny – organ, który określa się jako zwierzchni wobec pozostałych organów i innych podmiotów organizacyjnych państwa, właściwy dla całego jego terytorium.

Naczelnymi organami władzy państwowej są co do zasady wszystkie konstytucyjne organy ogólnokrajowe władzy państwowej, zarówno ustawodawczej (Sejm i Senat, reprezentowane przez swoich marszałków), wykonawczej (Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej oraz Rada Ministrów, zarówno jako całość, reprezentowana przez jej Prezesa, jak też jej Prezes i poszczególni członkowie z osobna), jak i sądowniczej (Sąd Najwyższy, Naczelny Sąd Administracyjny, Trybunał Konstytucyjny i Trybunał Stanu, reprezentowane przez swoich prezesów). Ponadto należą do nich konstytucyjne organy kontroli państwowej i ochrony prawa (Najwyższa Izba Kontroli, określana w Konstytucji jako naczelny organ kontroli państwowej, reprezentowana przez swojego Prezesa, Krajowa Rada Radiofonii i Telewizji, reprezentowana przez swojego przewodniczącego, a także Rzecznik Praw Obywatelskich, Rzecznik Praw Dziecka)^[1]) oraz pozostałe organy konstytucyjne: Krajowa Rada Sądownictwa, reprezentowana przez swojego przewodniczącego, oraz Narodowy Bank Polski, reprezentowany przez swojego Prezesa^[2].

Ponadto zaliczają się do nich również te spośród pozakonstytucyjnych organów ogólnokrajowych, które powoływane są przez Prezydenta bezpośrednio albo po uprzednim wyborze przez Sejm i podlegają wyłącznie ustawom, ale których niezależność zapisano zaledwie w zwykłej ustawie sejmowej, a nie w Konstytucji RP (Instytut Pamięci Narodowej oraz Urząd Ochrony Danych Osobowych, reprezentowane przez swoich prezesów, a także Państwowa Komisja Wyborcza, reprezentowana przez swojego przewodniczącego), a niekiedy także organy krajowe tych spośród samorządów zawodów zaufania publicznego, którym zapewniono analogiczną ustawową gwarancję niezależności^[3][4].

Nieco węższym pojęciem są naczelne organy administracji publicznej, zdefiniowane w Kodeksie postępowania administracyjnego. Naczelne organy administracji publicznej określają się jako zwierzchnie wobec pozostałych organów i innych podmiotów organizacyjnych państwa w strukturze administracji publicznej:

• w stosunku do organów administracji rządowej, organów jednostek samorządu terytorialnego, z wyjątkiem samorządowych kolegium odwoławczych, oraz organów państwowych lub samorządowych jednostek organizacyjnych – Prezes Rady Ministrów lub właściwi ministrowie;
• w stosunku do innych organów państwowych – odpowiednie organy o ogólnopolskim zasięgu działania;
• w stosunku do organizacji społecznych – ich organy naczelne, a w razie braku tychże – Prezes Rady Ministrów lub właściwi ministrowie sprawujący nadzór zwierzchni nad ich działalnością^[5].

Pojęcie organu naczelnego wprowadzał wprost rozdział 5 Konstytucji z 1952 r., który nosił tytuł „Naczelne organy administracji państwowej". Przepisy obecnie obowiązującej konstytucji nie wyróżniają naczelnych organów ad­ministracji rządowej. Rozdział 6 Konstytucji z 1997 r. mówi jedynie o Radzie Ministrów i administracji rządowej. Pojęcie urzędu naczelnego wprowadzały natomiast niektóre ustawy^[6].