Podział bakterii ze względu na morfologię oparty jest na kształcie bakterii. Wyróżnia się trzy podstawowe grupy:

• bakterie o kształcie pałeczkowatym
  • pałeczki bacteria
  • laseczki bacilli
  • maczugowce corynebacteria
  • prątki mycobacteria
• bakterie o kształcie kulistym
  • ziarenkowce cocci
  • gronkowce staphylococci
  • paciorkowce streptococci
  • dwoinki diplococcus
  • pakietowce sarcina
• bakterie o kształcie spiralnym
  • śrubowce spirilla
  • przecinkowce vibrio
  • krętki spirochaete

• podział bakterii ze względu na barwienie metodą Grama