W wyniku podpisanego traktatu rozbiorowego część Wielkopolski i Kujaw, w tym ziemie nad Notecią i Brdą z Bydgoszczą włącznie – wcielono w skład Królestwa Pruskiego. Nowe władze zlikwidowały dotychczasową administrację państwową oraz samorząd miejski, wprowadzając ustrój oparty na prawie pruskim. Król Fryderyk II z nowych nabytków terytorialnych utworzył prowincję Prusy Zachodnie, w której najwyższą władzą była Kamera Domenalna w Kwidzynie. Tereny położone nad Notecią i Brdą zostały włączone do Obwodu Nadnoteckiego (Netzedistrikt) z siedzibą władz tego regionu w Bydgoszczy. Obwód obejmował cztery powiaty: bydgoski, inowrocławski, kamieński i notecki. W ten sposób Bydgoszcz zyskała regionalne znaczenie administracyjne, a obwód nadnotecki stał się pierwowzorem dla kolejnych jednostek (departament bydgoski, rejencja bydgoska), które przetrwały do końca okresu pruskiego. Pierwszym urzędem pruskiej administracji, jaki powstał w Bydgoszczy było Kolegium Finansowe (1773 r.), a następnie Kamera Wojenno-Domenalna (1774 r.) i wreszcie Królewska Zachodniopruska Deputacja Kamery Wojenno-Domenalnej na Obwód Nadnotecki (od 29 czerwca 1775 r.) Jednostka ta podległa była bezpośrednio nadprezydentowi w Królewcu i otrzymała w zasadzie analogiczne kompetencje jak kamera kwidzyńska (ściąganie podatków, nadzór nad sądownictwem, aprowizacją, stowarzyszeniami zawodowymi i społecznymi komunikacją, policją itp.). Dla potrzeb nowych urzędów administracyjnych, w latach 1775–1778 w południowej pierzei Starego Rynku wzniesiono nowy budynek, który obecnie mieści Miejską i Wojewódzką Bibliotekę Publiczną.

Oprócz tego w 1777 r. Bydgoszcz stała się również siedzibą urzędu landrata (powiatu), a w 1781 r. sądu nadwornego tj. będącego sądem apelacyjnym dla Obwodu Nadnoteckiego oraz miejscem stacjonowania garnizonu wojskowego.

Awans administracyjny spowodował rozwój miasta, zmiany w architekturze. Władze pruskie rozpoczęły od budowy mostów na Brdzie, bulwaru nad rzeką oraz koszar dla garnizonu. Do budowy użyto materiałów z rozbiórki zamku bydgoskiego. Wybrukowano drogi, remontowano mury i bramy miejskie, oświetlono ulice i budynki publiczne przez latarnie olejne.

 Osobny artykuł: Kanał Bydgoski.

Jeszcze ważniejszym wydarzeniem w historii Bydgoszczy tego okresu była budowa kanału łączącego Noteć z Brdą, a pośrednio Odrę z Wisłą.

Pierwsze koncepcje budowy kanału sięgają XVII wieku, kiedy dyskutowano je podczas rokowań Zygmunta III Wazy z elektorem brandenburskim, a później podobne pomysły wysuwał król Władysław IV. Bardziej szczegółową formę uzyskał projekt kanału bydgoskiego 9 lipca 1766 r. na posiedzeniu Komisji Skarbu Koronnego w Warszawie, kiedy to kapitan Franciszek Czaki przedstawił jego koncepcję. Chociaż z powodu rozbioru Polski do realizacji nie doszło, to na korzyść z przekopania kanału zwrócili uwagę Prusacy.

Nowa droga wodna doskonale wpisywała się w interesy państwa pruskiego, które dążyło do integracji nowych ziem z Brandenburgią oraz ograniczenia handlu gdańskiego poprzez budowę alternatywnego szlaku handlowego do Europy Zachodniej.

Fryderyk II zatwierdził budowę kanału już w marcu 1772 r. Budowa trwała błyskawicznie na owe czasy: zaledwie dwa lata (1773-74) przy pomocy sprowadzonych 10 tys. robotników. W ten sposób Kanał Bydgoski jest najstarszą sztuczną drogą wodną wybudowaną na ziemiach polskich.

Kanał wywarł poważny wpływ na życie Bydgoszczy. Budowa przyczyniła się do rozwoju handlu, przemysłu i rzemiosła. Nowy szlak wodny na zachód – do Szczecina i Berlina zastąpił staropolski szlak wiślany do Gdańska, który dawniej stanowił o pomyślności handlowej miasta. Napływ personelu technicznego i robotników narodowości niemieckiej przyczynił się natomiast do wzrostu tempa germanizacji.

 Osobny artykuł: Spichrze w Bydgoszczy.

W końcu XVIII wieku w Bydgoszczy powstało szereg przedsiębiorstw państwowych: młyny, rafineria cukru przerabiająca zachodnioindyjską trzcinę cukrową, manufaktury sukiennicze, papiernia, cegielnia, farbiarnia, garbarnia i szereg innych. Zbudowano też gmachy o przeznaczeniu gospodarczym np. wielki zespół ryglowych spichlerzy (spalone w 1945 r.), spichlerze przy ul. Grodzkiej (dwa spalone w 1960 r., trzy zachowane).

Dzięki budowie ⁣⁣kanału⁣⁣ Bydgoszcz ponownie stała się znacznym ośrodkiem handlowym. W mieście utworzono komorę celną o zasięgu ogólnokrajowym, Radę Handlową i kompanię kupiecką. W końcu XVIII w. kanałem bydgoskim przepływało ok. 1000 łodzi i tratew rocznie, a był to dopiero początek kariery tego szlaku wodnego, gdyż np. w połowie XIX w. ruch na kanale wzrósł ośmiokrotnie.

Po 1772 r. znacznie rozbudowały się przedmieścia Bydgoszczy: Poznańskie, Toruńskie, Gdańskie oraz Okole, Grodztwo i Babia Wieś. W 1806 r. zamieszkiwało Bydgoszcz ok. 4 tys. mieszkańców, w tym wielu osadników narodowości niemieckiej. W 1787 r. zbudowano w rejonie dawnej fosy zamkowej pierwszą w mieście świątynię ewangelicką^[1].

 Osobny artykuł: Bitwa pod Bydgoszczą.

W marcu 1794 roku wybuchło powstanie kościuszkowskie. Kilka miesięcy później do walczących przyłączyli się mieszkańcy Wielkopolski organizując własne powstanie. Wtedy Kościuszko zdecydował wysłać żołnierzy pod dowództwem Jana H. Dąbrowskiego. Przybył on do Bydgoszczy 2 października i po krótkim oblężeniu zdobył miasto (tzw. bitwa pod Bydgoszczą) wziął do niewoli 400 jeńców, zdobył kasy pruskie, amunicję oraz zapasy garnizonu pruskiego. Józef Wybicki jako pełnomocnik Rady Najwyższej Narodowej zorganizował polskie władze cywilne. Polski epizod skończył się po dwóch tygodniach, gdyż po klęsce powstania, Dąbrowski wycofał się z Bydgoszczy. Pobyt generała upamiętnia obecna nazwa wzgórza, u którego podnóża leży Plac Poznański.

III rozbiór Polski w 1795 r. wpłynął na osłabienie pozycji Bydgoszczy w ramach państwa pruskiego. Bydgoszcz była już tylko jednym z bardzo wielu miast polskich pod władzą pruską i dlatego nie mogła liczyć na żadne szczególne względy.

• Historia Bydgoszczy
• Kalendarium historii Bydgoszczy

• Atlas historyczny miast polskich. Tom II Kujawy. Zeszyt 1. Bydgoszcz: red. Antoni Czachorowski: Toruń: Uniwersytet Mikołaja Kopernika, 1997
• Badtke Marek: Kanał Bydgoski: Bydgoszcz, 2006
• Biegański Zdzisław, Grzegorz M. red.: Bydgoszcz – 650 lat praw miejskich. Praca zbiorowa. Bydgoszcz 1996
• Biegański Zdzisław, Jastrzębski Włodzimierz red.: Bydgoszcz jako ośrodek administracyjny na przestrzeni wieków, zbiór studiów. Bydgoszcz 1998
• Biskup Marian red.: Historia Bydgoszczy. Tom I do roku 1920. Warszawa-Poznań: Bydgoskie Towarzystwo Naukowe, 1991
• Derenda Jerzy. Piękna stara Bydgoszcz – tom I z serii Bydgoszcz miasto na Kujawach. Praca zbiorowa. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2006
• Derenda Jerzy. Bydgoszcz w blasku symboli – tom II z serii Bydgoszcz miasto na Kujawach. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2008
• Encyklopedia Historii Gospodarczej Polski do 1945 roku: Warszawa: Wiedza Powszechna, 1981
• Gierszewski Stanisław: Wisła w dziejach Polski: Gdańsk: Wydawnictwo Morskie: 1982
• Kabaciński Ryszard, Kotowski Wojciech, Wojciak Jerzy: Bydgoszcz zarys dziejów: Bydgoszcz: Bydgoskie Towarzystwo Naukowe, 1980
• Mincer Franciszek: Dzieje Bydgoszczy do roku 1806: Wyższa Szkoła Pedagogiczna im. Tadeusza Kotarbińskiego: Zielona Góra 1992
• Winid Walenty: Kanał Bydgoski: Warszawa: Wydawnictwo Instytutu Popierania Nauki, 1928
• Umiński Janusz: Bydgoszcz. Przewodnik: Bydgoszcz: Regionalny Oddział PTTK „Szlak Brdy”, 1996

• Kanał Bydgoski
• Muzeum Kanału Bydgoskiego
• Plan Linderta z 1800 roku nałożony na współczesne zdjęcie satelitarne

Wydawnictwa cykliczne:

• Prace Komisji Historii Bydgoskiego Towarzystwa Naukowego. Tomy. I – XV
• Przegląd Bydgoski. Rocznik 1 do 6 (1933-1938)
• Kalendarze Bydgoskie. Roczniki 1968-2009
• Kroniki Bydgoskie. Tomy I-XXVIII
• Materiały do dziejów kultury i sztuki Bydgoszczy i regionu. Zeszyty 1 do 13
• Zapiski historyczne Towarzystwa Naukowego w Toruniu