Hipokotyl (gr. hypó ‘pod’, kotýlē ‘czarka’)^[1], łodyżka podliścieniowa^[2] – najniższa część łodygi znajdująca się między korzeniem i liścieniami, o budowie pośredniej między typową dla łodygi a korzeniem^[3].

Ze względu na szybkość wzrostu hipokotylu w stosunku do epikotylu podczas kiełkowania wyróżnia się^[3]:

• kiełkowanie epigeiczne (nadziemne) – hipokotyl rośnie szybko i wznosi liścienie nad powierzchnię gleby,
• kiełkowanie hipogeiczne (podziemne) – hipokotyl rośnie tak wolno, że liścienie pozostają pod powierzchnią gleby, którą przebija łodyga nadliścieniowa (epikotyl).

W siewce walec osiowy młodego korzenia u nasady hipokotylu ulega rozdzieleniu na wiązki hipokotylowe, będące śladami liścieniowymi, ponieważ biegną do liścieni. W górnej części wiązki te łączą się bocznie z wiązkami prowadzącymi do wyżej wyrastających liści właściwych^[4]. U różnych roślin w różny sposób następuje w hipokotylu przekształcenie radialnego układu wiązek przewodzących korzenia w kolateralny ich układ typowy dla pędu^[5].

Hipokotyl jest wyraźnie widoczny u siewek kiełkujących nadziemnie jako zwykle haczykowato wygięta część pędu wznosząca liścienie nad powierzchnię ziemi. U dojrzałych roślin hipokotyl bywa silnie rozwinięty w przypadku wykształcania zgrubiałych i pełniących funkcje spichrzowe bulw. U rzodkiewki bulwa pędowa wykształcona jest właśnie z hipokotylu. Ta część pędu współtworzy także bulwy o pochodzeniu mieszanymi – hipokotylowo-korzeniowym. Przykładami roślin wytwarzających takie bulwy są buraki i selery^[3].

• epikotyl