Biotransformacja – reakcja chemiczna katalizowana przez enzymy, w wyniku której następuje przekształcenie określonego związku chemicznego.

Biotransformacje u mikroorganizmów można porównać do biokatalizatorów, które przeprowadzają przemiany prowadzące do otrzymania pożądanego produktu. Są to procesy wykorzystujące najczęściej tylko jeden enzym i nie dostarczają komórce energii ani potrzebnych związków. Biotransformacje zachodzą też w formach przetrwalnikowych mikroorganizmów, dzięki braku zaangażowania jakichkolwiek szlaków metabolicznych w proces.

Jednym z ważniejszych problemów przy stosowaniu biotransformacji jest występujące ograniczenie przepuszczalności substratów i produktów przez błony cytoplazmatyczne lub też wydzielenie odpowiedniego enzymu z komórki. Dlatego też opracowane specyficzne sposoby postępowania zależą od charakteru mikroorganizmu (np. środki powierzchniowo czynne).

• Teresa Kołek, Agnieszka Bartmańska: Podstawy biotransformacji. Wydawnictwo Akademii Rolniczej we Wrocławiu, 2005, s. 7. ISBN 83-89189-79-8.