Als Trabekel (von lateinisch trabecula ‚kleiner Balken‘) bezeichnet man in der Anatomie bälkchenartige Strukturen in Organen:

• im Knochen die Knochenbälkchen der Substantia spongiosa
• Trabecula septomarginalis oder Moderatorband: Muskelband zwischen Kammerscheidewand und Papillarmuskel des Herzens
• Trabeculae carneae („Fleischbalken“ oder Columnae carneae): bälkchenartiges Netzwerk von Herzmuskelfasersträngen in der Herzscheidewand
• die Bindegewebssepten der Lymphknoten
• die Bindegewebssepten der Milz
• die Bindegewebssepten der Schwellkörper
• im Auge ein siebartiges Geflecht im Kammerwinkel, durch das das Kammerwasser aus der vorderen Augenkammer in den Schlemm-Kanal abfließt
• in der Muskulatur der Harnblase, siehe Balkenblase