Unter den Art von gemeinschaftlichem Interesse werden in der Europäischen Union bestimmte Tier- und Pflanzenarten als prioritär geführt. Es handelt sich um Arten, für die die Europäische Union angesichts der globalen Verbreitung eine besondere Verantwortung trägt und die angesichts einer starken Bedrohung zügig Schutzmaßnahmen einzuleiten sind. Prioritäre Arten werden im Anhang II der FFH-Richtlinie geführt und dort mit dem Symbol „*“ gekennzeichnet. Die Einleitung von Maßnahmen zum Schutz prioritärer Arten wird als gemeinsame Aufgabe aller Mitgliedsstaaten angesehen.

Im Folgenden sind alle Prioritären Arten von Gemeinschaftlichem Interesse aufgelistet (Stand: 1. Januar 2007). Arten, die auch in deutschen oder österreichischen FFH-Gebieten gemeldet sind, sind mit D bzw. A gekennzeichnet.

Bild	EU-Code	wissenschaftlicher Name	deutscher Name	Artengruppe	Bemerkung
	4003	Marmota marmota latirostris	Alpenmurmeltier	Säugetiere
	1910	Pteromys volans	Europäisches Gleithörnchen	Säugetiere
	2608	Spermophilus suslicus	Perlziesel	Säugetiere
	1340	Microtus oeconomus arenicola	Nordische Wühlmaus	Säugetiere
	4004	Microtus oeconomus mehelyi	Nordische Wühlmaus	Säugetiere	A
	1911	Alopex lagopus	Polarfuchs	Säugetiere
	1352	Canis lupus	Wolf	Säugetiere	D, A nicht alle Populationen
	1354	Ursus arctos	Braunbär	Säugetiere	A nicht alle Populationen
	1912	Gulo gulo	Vielfraß	Säugetiere
	1356	Mustela lutreola	Europäischer Nerz	Säugetiere
	1362	Lynx pardinus	Pardelluchs	Säugetiere
	1366	Monachus monachus	Mittelmeer-Mönchsrobbe	Säugetiere
	1913	Phoca hispida saimensis	Saimaa-Ringelrobbe	Säugetiere
	1367	Cervus elaphus corsicanus	Korsischer Rothirsch	Säugetiere
	2647	Bison bonasus	Wisent	Säugetiere
	1370	Capra pyrenaica pyrenaica	Pyrenäensteinbock	Säugetiere
	1374	Rupicapra pyrenaica ornata	Abruzzengämse	Säugetiere
	4006	Rupicapra rupicapra tatrica	Tatra-Gämse	Säugetiere
	1224	Caretta caretta	Unechte Karettschildkröte	Reptilien
	1227	Chelonia mydas	Suppenschildkröte	Reptilien
	1242	Gallotia simonyi	El-Hierro-Rieseneidechse	Reptilien
	2447	Coluber cypriensis	Zypern-Schlanknatter	Reptilien
	4007	Natrix natrix cypriata	Zypern-Ringelnatter	Reptilien
	1296	Macrovipera schweizeri	Kykladenviper	Reptilien
	6337	Vipera ursinii macrops	Balkan-Wiesenotter	Reptilien
	4121	Vipera ursinii rakosiensis	Ungarische Wiesenotter	Reptilien
	1178	Salamandra atra aurorae	Aurora-Alpensalamander	Amphibien
	1186	Proteus anguinus	Grottenolm	Amphibien
	1187	Alytes muletensis	Mallorca-Geburtshelferkröte	Amphibien
	1199	Pelobates fuscus insubricus	Knoblauchkröte	Amphibien
	1100	Acipenser naccarii	Adriatischer Stör	Fische	D
	1101	Acipenser sturio	Europäischer Stör	Fische
	1113	Coregonus oxyrhynchus	Nordseeschnäpel	Fische	D anadrome populationen in bestimmten Gebieten der Nordsee
	1117	Ladigesocypris ghigii	Ghizani	Fische
	4009	Phoxinus percnurus	Sumpfelritze	Fische
	1153	Valencia hispanica	Valenciakärpfling	Fische
	1992	Valencia letourneuxi		Fische
	1998	Romanichthys valsanicola	Groppenbarsch	Fische
	1093	Austropotamobius torrentium	Steinkrebs	Krebse	D, A
	4010	Armadillidium ghardalamensis		Asseln
	1914	Carabus menetriesi pacholei		Käfer	D, A
	1080	Carabus olympiae		Käfer
	1084	Osmoderma eremita	Juchtenkäfer	Käfer	D, A
	4021	Phryganophilus ruficollis		Käfer
	4024	Pseudogaurotina excellens		Käfer
	1087	Rosalia alpina	Alpenbock	Käfer	D, A
	1078	Euplagia quadripunctaria	Spanische Flagge	Schmetterlinge	D, A
	4039	Nymphalis vaualbum		Schmetterlinge
	4044	Xylomoia strix		Schmetterlinge
	1915	Helicopsis striata austriaca	Österreichische Heideschnecke	Schnecken	A
	4061	Lampedusa melitensis		Schnecken
	4062	Paladilhia hungarica		Schnecken

Bild	EU-Code	wissenschaftlicher Name	deutscher Name	Familie	Bemerkung
	1397	Echinodium spinosum		Echinodiaceae
	1382	Thamnobryum fernandesii		Neckeraceae
	1425	Dryopteris corleyi		Wurmfarngewächse
	1412	Polystichum drepanum		Wurmfarngewächse	Art der Gattung Schildfarne (Polystichum)
	1430	Marsilea azorica		Kleefarngewächse	Neophyt auf den Azoren des Australischen Kleefarns (Marsilea hirsuta)
	1431	Abies nebrodensis	Nebrodi-Tanne	Kieferngewächse	(auf Sizilien)
	6313	Aconitum napellus ssp. corsicum	Korsischer Blauer Eisenhut	Hahnenfußgewächse	Endemisch auf Korsika vorkommende Art des Blauen Eisenhut
	1472	Aquilegia pyrenaica		Hahnenfußgewächse
	1478	Consolida samia		Hahnenfußgewächse
	2092	Delphinium caseyi		Hahnenfußgewächse
	4110	Pulsatilla pratensis ssp. hungarica	Ungarische Wiesen-Kuhschelle	Hahnenfußgewächse	Unterart der Wiesen-Kuhschelle (Pulsatilla pratensis)
	2094	Pulsatilla slavica Pulsatilla halleri subsp. slavica	Slawische Kuhschelle	Hahnenfußgewächse	Unterart der Hallers Küchenschelle (Pulsatilla halleri)
	4111	Pulsatilla subslavica Pulsatilla slavica ssp. subslavica	sog. Karpaten-Kuhschelle	Hahnenfußgewächse	regionale Unterart der Slawischen Kuhschelle (Pulsatilla slavica)
	1476	Ranunculus weyleri		Hahnenfußgewächse
	1435	Myrica rivas-martinezii		Gagelstrauchgewächse
	1470	Arenaria nevadensis		Nelkengewächse
	2071	Cerastium alsinifolium		Nelkengewächse
	1954	Dianthus arenarius	Sand-Nelke	Nelkengewächse
	4074	Dianthus diutinus		Nelkengewächse
	4075	Dianthus lumnitzeri	Hainburger Feder-Nelke	Nelkengewächse	A
	4076	Dianthus moravicus		Nelkengewächse
	2074	Dianthus nitidus		Nelkengewächse
	1467	Gypsophila papillosa		Nelkengewächse
	1466	Herniaria latifolia		Nelkengewächse
	2077	Minuartia smejkalii		Nelkengewächse
	1461	Silene hicesiae		Nelkengewächse
	1459	Silene holzmanii		Nelkengewächse
	1463	Silene orphanidis		Nelkengewächse
	1452	Silene rothmaleri		Nelkengewächse
	1465	Silene velutina		Nelkengewächse
	1445	Bassia saxicola		Gänsefußgewächse
	4079	Cremnophyton lanfrancoi		Gänsefußgewächse
	1443	Salicornia veneta		Gänsefußgewächse
	1646	Armeria helodes		Bleiwurzgewächse
	1644	Armeria rouyana		Bleiwurzgewächse
	1649	Limonium arborescens		Bleiwurzgewächse
	1634	Limonium insulare		Bleiwurzgewächse
	1642	Limonium pseudolaetum		Bleiwurzgewächse
	1647	Limonium spectabile		Bleiwurzgewächse
	1643	Limonium strictissimum		Bleiwurzgewächse
	1648	Limonium sventenii		Bleiwurzgewächse
	1597	Helianthemum bystropogophyllum		Zistrosengewächse
	1595	Tuberaria major		Zistrosengewächse
	1585	Viola hispida		Veilchengewächse
	2103	Arabis kennedyae		Kreuzblütengewächse
	1506	Biscutella neustriaca		Kreuzblütengewächse
	1494	Brassica macrocarpa		Kreuzblütengewächse
	2109	Cochlearia polonica		Kreuzblütengewächse
	4090	Cochlearia tatrae		Kreuzblütengewächse
	1490	Coincya rupestris		Kreuzblütengewächse
	1488	Coronopus navasii		Kreuzblütengewächse
	1511	Crambe arborea		Kreuzblütengewächse
	1513	Crambe sventenii		Kreuzblütengewächse
	1485	Diplotaxis siettiana		Kreuzblütengewächse
	2114	Erysimum pieninicum		Kreuzblütengewächse
	1495	Iberis arbuscula		Kreuzblütengewächse
	1487	Ionopsidium acaule		Kreuzblütengewächse
	1514	Parolinia schizogynoides		Kreuzblütengewächse
	1515	Reseda decursiva		Resedengewächse
	1578	Euphorbia handiensis		Wolfsmilchgewächse
	1575	Euphorbia margalidiana		Wolfsmilchgewächse
	2159	Daphne arbuscula		Spatzenzungengewächse
	1584	Daphne rodriguezii		Spatzenzungengewächse
	4107	Cyclamen fatrense		Primelgewächse
	1627	Primula apennina		Primelgewächse
	1535	Bencomia brachystachya		Rosengewächse
	1537	Chamaemeles coriacea		Rosengewächse
	4112	Pyrus magyarica		Rosengewächse
	1531	Ribes sardoum		Stachelbeergewächse
	1559	Anagyris latifolia		Schmetterlingsblütengewächse
	1543	Astragalus algarbiensis		Schmetterlingsblütengewächse
	1558	Astragalus aquilanus		Schmetterlingsblütengewächse
	2131	Astragalus macrocarpus lefkarensis		Schmetterlingsblütengewächse
	1548	Astragalus maritimus		Schmetterlingsblütengewächse
	1555	Astragalus verrucosus		Schmetterlingsblütengewächse
	1546	Cytisus aeolicus		Schmetterlingsblütengewächse
	1561	Dorycnium spectabile		Schmetterlingsblütengewächse
	1562	Lotus azoricus		Schmetterlingsblütengewächse
	1564	Lotus kunkelii		Schmetterlingsblütengewächse
	1549	Ononis hackelii		Schmetterlingsblütengewächse
	1565	Teline rosmarinifolia		Schmetterlingsblütengewächse
	1566	Teline salsoloides		Schmetterlingsblütengewächse
	1552	Vicia bifoliolata		Schmetterlingsblütengewächse
	2156	Linum dolomiticum		Leingewächse
	1572	Linum muelleri		Leingewächse
	1570	Erodium astragaloides		Storchschnabelgewächse
	1568	Erodium rupicola		Storchschnabelgewächse
	1571	Geranium maderense		Storchschnabelgewächse
	1598	Lythrum flexuosum		Blutweiderichgewächse
	1532	Pittosporum coriaceum		Klebsamengewächse
	1607	Angelica heterocarpa		Doldengewächse
	1619	Apium bermejoi		Doldengewächse
	1605	Bupleurum capillare		Doldengewächse
	1606	Bupleurum kakiskalae		Doldengewächse
	1603	Eryngium viviparum		Doldengewächse
	2170	Ferula sadleriana		Doldengewächse
	1599	Laserpitium longiradium		Doldengewächse
	1600	Naufraga balearica		Doldengewächse
	1601	Oenanthe conioides	Schierlings-Wasserfenchel	Doldengewächse	D
	1611	Seseli intricatum		Doldengewächse
	1655	Centaurium rigualii		Enziangewächse
	1658	Centaurium somedanum		Enziangewächse
	4094	Gentianella bohemica	Böhmischer Enzian	Enziangewächse	D, A
	1661	Galium litorale		Rötegewächse
	1660	Ceropegia chrysantha		Seidenpflanzengewächse
	4113	Galium sudeticum		Rötegewächse
	1662	Galium viridiflorum		Rötegewächse
	1745	Sambucus palmensis		Geißblattgewächse
	1663	Convolvulus argyrothamnus		Windengewächse
	1666	Convolvulus caput-medusae	Medusenhaupt-Winde	Windengewächse
	1664	Convolvulus fernandesii		Windengewächse
	1667	Convolvulus lopez-socasii		Windengewächse
	1665	Convolvulus massonii		Windengewächse
	1674	Anchusa crispa		Raublattgewächse
	1677	Echium gentianoides		Raublattgewächse
	1668	Lithodora nitida		Raublattgewächse
	1676	Omphalodes littoralis		Raublattgewächse
	2203	Onosma tornensis		Raublattgewächse
	1672	Symphytum cycladense		Raublattgewächse
	1707	Atropa baetica		Nachtschattengewächse
	1705	Solanum lidii		Nachtschattengewächse
	1736	Euphrasia azorica		Braunwurzgewächse
	1720	Euphrasia genargentea		Braunwurzgewächse
	1727	Isoplexis chalcantha		Braunwurzgewächse
	1719	Linaria ficalhoana		Braunwurzgewächse
	1718	Linaria hellenica		Braunwurzgewächse
	1713	Linaria ricardoi		Braunwurzgewächse
	1717	Linaria tursica		Braunwurzgewächse
	2217	Pedicularis sudetica		Braunwurzgewächse
	1732	Veronica oetaea		Braunwurzgewächse
	1737	Globularia ascanii		Kugelblumengewächse
	1738	Globularia sarcophylla		Kugelblumengewächse
	1432	Globularia stygia		Kugelblumengewächse
	2227	Pinguicula crystallina		Wasserschlauchgewächse
	1697	Micromeria taygetea		Lippenblütengewächse
	1684	Nepeta sphaciotica		Lippenblütengewächse
	1703	Sideritis cystosiphon		Lippenblütengewächse
	1704	Sideritis discolor		Lippenblütengewächse
	1695	Thymus camphoratus		Lippenblütengewächse
	1682	Thymus lotocephalus		Lippenblütengewächse
	1755	Azorina vidalii	Azorenglockenblume	Glockenblumengewächse
	4069	Campanula bohemica		Glockenblumengewächse
	2233	Campanula gelida		Glockenblumengewächse
	1751	Campanula sabatia		Glockenblumengewächse
	4070	Campanula serrata		Glockenblumengewächse
	1756	Musschia wollastonii		Glockenblumengewächse
	1766	Anthemis glaberrima		Korbblütengewächse
	1812	Argyranthemum lidii		Korbblütengewächse
	1765	Artemisia granatensis		Korbblütengewächse
	1916	Artemisia laciniata	Schlitzblatt-Wermut	Korbblütengewächse	A
	1917	Artemisia pancicii	Waldsteppen-Beifuß	Korbblütengewächse	A
	1802	Aster pyrenaeus		Korbblütengewächse
	1757	Aster sorrentinii		Korbblütengewächse
	1760	Carduus myriacanthus		Korbblütengewächse
	1595	Tuberaria major		Korbblütengewächse
	1770	Centaurea alba heldreichii		Korbblütengewächse
	1830	Centaurea alba princeps		Korbblütengewächse
	1806	Centaurea attica megarensis		Korbblütengewächse
	1794	Centaurea balearica		Korbblütengewächse
	1796	Centaurea borjae		Korbblütengewächse
	1772	Centaurea citricolor		Korbblütengewächse
	1791	Centaurea horrida		Korbblütengewächse
	1776	Centaurea kalambakensis		Korbblütengewächse
	1778	Centaurea lactiflora		Korbblütengewächse
	1780	Centaurea niederi		Korbblütengewächse
	1799	Centaurea peucedanifolia		Korbblütengewächse
	1782	Centaurea pinnata		Korbblütengewächse
	1786	Crepis crocifolia		Korbblütengewächse
	4083	Helichrysum melitense		Korbblütengewächse
	1805	Jurinea cyanoides	Sand-Silberscharte	Korbblütengewächse	D
	1800	Jurinea fontqueri		Korbblütengewächse
	1825	Lactuca watsoniana		Korbblütengewächse
	1768	Lamyropsis microcephala		Korbblütengewächse
	1790	Leontodon siculus		Korbblütengewächse
	1821	Onopordum nogalesii		Korbblütengewächse
	1815	Onopordum carduelium		Korbblütengewächse
	4085	Palaeocyanus crassifolius		Korbblütengewächse
	1816	Pericallis hadrosoma		Korbblütengewächse
	1804	Senecio elodes		Korbblütengewächse
	4087	Serratula lycopifolia	Einkopf-Zwitterscharte	Korbblütengewächse	A
	1820	Tanacetum ptarmiciflorum		Korbblütengewächse
	1940	Alisma wahlenbergii		Froschlöffelgewächse
	1858	Narcissus nevadensis		Amaryllisgewächse
	1855	Androcymbium psammophilum		Liliengewächse
	1842	Androcymbium rechingeri		Liliengewächse
	1840	Asphodelus bento-rainhae		Liliengewächse
	2283	Chionodoxa lochiae	Zyprische Sternhyazinthe	Liliengewächse
	1850	Muscari gussonei		Liliengewächse
	2296	Scilla morrisii		Liliengewächse
	1872	Borderea chouardii		Yamswurzelgewächse
	1901	Cephalanthera cucullata		Knabenkrautgewächse
	2329	Ophrys kotschyi	Kotschys Ragwurz	Knabenkrautgewächse
	1905	Ophrys lunulata	Halbmond-Ragwurz	Knabenkrautgewächse
	1897	Carex panormitana		Riedgrasgewächse
	2317	Poa riphaea		Süßgräser
	1883	Stipa austroitalica		Süßgräser
	1881	Stipa bavarica		Süßgräser	D
	1918	Stipa styriaca	Steirisches Federgras	Süßgräser	A
	1880	Stipa veneta		Süßgräser
	4095	Stipa zalesskii		Süßgräser

Bild	EU Code	wissenschaftlicher Name	deutscher Name	Familie	Bemerkung
	6163	Bryoerythrophyllum campylocarpum		Pottiaceae
	1390	Marsupella profunda		Gymnomitriaceae
	1397	Echinodium spinosum		Echinodiaceae
	1382	Thamnobryum fernandesii		Neckeraceae

• Text der aktuellen Richtlinie, Stand 2007 mit Verweisen auf andere Sprachen und Versionen (als pdf (PDF))
• List of species with Natura 2000 codes and EUNIS links