Der Verein wurde im Jahr 2009 als Magway Football Club von Htun Myint Naing, Geschäftsführer von Asia World Co., Ltd., gegründet. Magwe FC ist ein Verein der acht Gründungsmitglieder der 2009 neugegründeten Myanmar National League. 2012 wurde der Verein in Magwe Football Club umbenannt. Der Verein gewann seinen ersten Titel im Jahr 2016. Er besiegte im Finale des General Aung San ShieldYangon United und qualifizierte sich damit für den AFC Cup 2017, in dem man mit zwei Punkten als Letzter der Gruppe F ausschied.