Die Copa Norte 1999 war die dritte Austragung der Copa Norte, eines regionalen Fußballpokalwettbewerbs in Brasilien, der vom nationalen Fußballverband CBF organisiert wurde. Mit dem Gewinn des Pokals war die Qualifikation für die Copa Conmebol 1999 sowie der Copa dos Campeões 2000 verbunden. Es startete am 28. Februar und endete am 22. April 1999.
Die zehn Teilnehmer kamen aus den Bundesstaaten Acre, Amazonas, Amapá, Maranhão, Pará, Piauí, Rondônia und Roraima. Pará stellte zwar drei Teilnehmer. Diese spielen aber in einer eigenen Vorrunde den Teilnehmer an der Hauptrunde aus.