Die A lyga 2016 war die 27. Spielzeit der höchsten litauischen Spielklasse im Männerfußball. Sie begann am 2. März 2016 und endete am 26. November 2016 mit dem 5. Spieltag der Meisterrunde. Titelverteidiger war FK Žalgiris Vilnius.
Die Liga wurde im Gegensatz zur Vorsaison mit acht Mannschaften ausgetragen. Jedes Team spielte viermal gegen jedes andere Team, zweimal zu Hause, zweimal auswärts. Bei Punktgleichheit zählte der direkte Vergleich. Im Unterschied zu früheren Saisons, wurden die sechs Bestplatzierten die Meisterschaft nach fünf zusätzlichen Runden entschieden, während der Siebtplatzierte auf den Zweitplatzierten der 1 Lyga 2016 in Relegationsspiel um den Aufstieg traf.[1]
Die sechs bestplatzierten Mannschaften der Hauptrunde traten jeweils einmal gegeneinander an. Die Punkte aus der Hauptrunde wurden dabei vollständig mitgenommen.
Das nach Ablauf der regulären Saison siebtplatzierte Team spielte in einem Hin- und Rückspiel gegen das zweitplatzierten Team der zweiten Liga. Die Spiele fanden am 29. Oktober und 6. November 2016 statt.