Thule-sagen kan referere til en række forskellige sager med relation til Thule Air Base ved Thule i Grønland.

Følgende sager benævnes Thule-sagen:

• Thule-sagen (tvangsflytning) – En erstatningssag som blev rejst med krav om erstatning til de folk som i 1953 blev tvangsforflyttet fra deres boplads Uummannaq til Qaanaaq på grund af dens tætte beliggenhed til Thule Air Base. De i alt 127 "Thule"-boere fik blot tre dages varsel til at forlade deres århundreder gamle boplads til en nordligere bygd (Qaanaaq).

• Thule-sagen (1968) – Efterspillet i 1968 til Thuleulykken, hvor et amerikansk B-52 bombefly, 21. januar 1968 styrtede ned på isen i North Star Bay i nærheden af Thule Air Base med kernevåben om bord.
• Thule-sagen (thulearbejderne) – En sag rejst af tidligere arbejdere på Thule Air Base, der hjalp i forbindelse med oprydningen efter Thuleulykken.
• Thule-sagen (1995) – En politisk sag som følge af offentliggørelsen af, at Danmark under Den kolde krig officielt tilkendegav, at Danmark ikke accepterede atomvåben på dansk jord, men reelt accepterede tilstedeværelsen af amerikanske atomvåben i Grønland.

Journalist Poul Brink har i sin bog "Thule-sagen – løgnens univers" gennemgået sagerne.

• Poul Brink, Thulesagen, løgnens univers, ISBN 87-11-15045-9
• Greenland during the Cold War. Danish and American security policy 1945–1968. Summary. Copenhagen: Danish Institute of International Affairs (DUPI). 1997-01-17. ISBN 8760169222. Arkiveret fra originalen 1. juni 2009. Hentet 14. august 2009.
• Grønland under den kolde krig. Dansk og amerikansk sikkerhedspolitik 1945–1968. København: Dansk Udenrigspolitisk Institut (DUPI). 1997-01-17. ISBN 8760169214.