I början av 2000-talet slog han sig på tränaryrket och tränade bland annat Livorno i Serie A. Efter Italiens VM-guld 2006 i Tyskland utsågs han att efterträda Marcello Lippi. Efter det tränade han Napoli i början av säsongen 2009/10 innan han fick sparken. Han var mellan 2015 och 2018 tränare för Bologna.