Europacupen i fotboll 1968/1969 vanns av AC Milan, Italien som i finalmatchen besegrade Ajax, Nederländerna med 4–1 i Madrid den 28 maj1969. Flera klubbar från Östeuropa drog sig ur turneringen då det visade sig att Uefa parat ihop lagen från just denna del av Europa med varandra.
Nytt för året var att man introducerade obligatoriska matchdagar (onsdagar) med två veckor mellan matcherna i samma omgång. Man tillät nu också två avbytare som fick bytas in när som helst under spelet. Till sist utökades regeln om "mål på bortaplan" till att gälla alla omgångar (gällande endast under första omgången säsongen 1967/68). Om det sammanlagda resultatet efter två matcher och förlängning fortfarande var oavgjort och om båda lagen gjort lika många mål på bortaplan gällde dock som tidigare att en playoff-match skulle utse en vinnare.