Prototrophie ist ein Begriff aus der Mikrobiologie und bezeichnet die Fähigkeit von Lebewesen (insbesondere von Bakterien- oder Hefe-Stämmen), alle benötigten organischen Wachstumsfaktoren (Suppline) selbst synthetisieren zu können. Ein Lebewesen mit dieser Fähigkeit bezeichnet man als Prototroph.

Das Gegenteil von Prototrophie wird als Auxotrophie bezeichnet.

Der Stamm leu⁺ von Escherichia coli ist bezüglich der Aminosäure Leucin prototroph, der Stamm leu⁻ ist für Leucin auxotroph, muss also diesen Stoff aus der Umgebung oder dem Nährboden aufnehmen.

• Georg Fuchs, Thomas Eitinger, Hans Günter Schlegel: Allgemeine Mikrobiologie. Georg Thieme, 2007. ISBN 9783134446081. S. 229.