Der Pokal Slovenije 2006/07 war die 16. Austragung des slowenischen Fußballpokalwettbewerbs der Herren. Pokalsieger wurde Titelverteidiger FC Koper, der sich im Finale gegen NK Maribor durchsetzte.
Durch den Sieg im Finale qualifizierte sich Koper für die 1. Qualifikationsrunde im UEFA-Pokal 2007/08.
In den ersten beiden Runden spielten nur die Sieger des Regionalpokals gegeneinander. Die zehn Erstligisten sowie der Absteiger der Saison 2005/06 traten im Achtelfinale an.
Das Halbfinale wurde in Hin- und Rückspiel ausgetragen. In allen anderen Runden wurde der Sieger in einem Spiel ermittelt. Stand es nach der regulären Spielzeit von 90 Minuten unentschieden, kam es zur Verlängerung von zweimal 15 Minuten und falls danach immer noch kein Sieger feststand zum Elfmeterschießen.
FC Koper – NK Maribor
1:0 Aleksander Rajčević (80.)
, Miroslav Radulović, Igor Lazić, Enes Handanagić (76. Ermin Hasić) – Anej Lovrečič, Marko Božič, Dalibor Volaš, Fernandes Cardoso – Aleksander Rajčević, Mitja Viler (63. Ivan Božičić). 
Mitja Viler, Anej Lovrečič, Ivan Božičić – David Tomažič Šeruga, Rene Mihelič