Alexandre Guilmant: Ausgewählte Orgelwerke Vol. 1. Symphonien für Orgel und Orchester. Paul Wißkirchen an der Orgel des Altenberger Domes, mit Mitgliedern des Gürzenich-Orchesters, Köln. CD. Motette, 1989.
Petr Eben: Konzert Für Orgel Und Orchester „Symphonia Gregoriana“.Andreas Meisner und Paul Wißkirchen (Orgel), Händelfestspielorchester Halle, Leitung: Volker Hempfling. CD. Motette Ursina, 1991.
Charles-Marie Widor: Sämtliche Symphonien - Symphonie Nr. 3 Op. 69 und Sinfonia Sacra Op. 81 für Orgel und Orchester (Volume 8). Paul Wißkirchen, Volker Hempfling, Gürzenichorchester Köln, Philharmonia Hungarica. CD. Motette Ursina, 1995.
Wagner, Händel, Grieg, Bruch. Bayer-Philharmoniker, Paul Wißkirchen, Lena Lootens, Christian Ludwig, Frauenchor und Männerchor Bayer Leverkusen, Dirigent: Rainer Koch. CD. Bayer, 1996.
Kompositionen und Bearbeitungen (Auswahl)
Lefébure-Wély alla „Colonia“ - Für rheinische Organisten Nr. 1. Hans-Gerd Klais gewidmet. Wolfgang G. Haas-Musikverlag, Köln.
Bruch, Max: Suite für Orgel & Orchester, op. 88. Wolfgang G. Haas-Musikverlag, Köln.
Händel, Georg Friedrich: Suite aus "Il Pastor fido", HWV 8, Bearbeitung für 2 Trompete/(n) und Orgel/Klavier oder Trompete, Oboe, Orgel/Piano. Wolfgang G. Haas-Musikverlag, Köln.
Mouret, John-Joseph: Suites de Symphonies - Premiere Suite de Fanfares, C-Dur für Trompete in B/C und Orgel. Wolfgang G. Haas-Musikverlag, Köln.
Hausorgel
Die Hausorgel von Paul Wißkirchen wurde 1982 von Orgelbau Schulte erbaut. 2005 wurde sie an eine Privatperson verkauft.[5]