Die Europäische Kommission Prodi (13. September 1999 – 21. November 2004) übernahm die Amtsgeschäfte von der Interimskommission unter Manuel Marín. Am 22. November 2004 wurden die Amtsgeschäfte an die Kommission Barroso I übergeben. Die Kommission bestand bis zur EU-Osterweiterung vom 1. Mai 2004 aus folgenden Mitgliedern:

Ressort	Kommissar	Staat	Nationale Partei	Europäische Partei
Präsident	Romano Prodi	Italien Italien	parteilos
Vizepräsidentin, Verkehr, Energie, Beziehungen zum Parlament	Loyola de Palacio	Spanien Spanien	PP	EVP
Vizepräsident, Verwaltungsreform	Neil Kinnock	Vereinigtes Konigreich Vereinigtes Königreich	Labour	SPE
Wettbewerb	Mario Monti	Italien Italien	parteilos
Landwirtschaft, ländliche Entwicklung und Fischerei	Franz Fischler	Osterreich Österreich	ÖVP	EVP
Industrie und Informationsgesellschaft	Erkki Liikanen ab 12. Juli 2004 Olli Rehn	Finnland Finnland	SDP KESK	SPE ELDR
Binnenmarkt, Steuern und Zollunion	Frits Bolkestein	Niederlande Niederlande	VVD	ELDR
Forschung	Philippe Busquin	Belgien Belgien	PS	SPE
Entwicklung und humanitäre Hilfe	Poul Nielson	Danemark Dänemark	SD	SPE
Erweiterung	Günter Verheugen	Deutschland Deutschland	SPD	SPE
Außenbeziehungen	Chris Patten	Vereinigtes Konigreich Vereinigtes Königreich	Conservatives	ED
Handel	Pascal Lamy	Frankreich Frankreich	PS	SPE
Gesundheit und Verbraucherschutz	David Byrne	Irland Irland	parteilos
Bildung und Kultur	Viviane Reding	Luxemburg Luxemburg	CSV	EVP
Haushalt	Michaele Schreyer	Deutschland Deutschland	GRÜNE	EGP
Umwelt	Margot Wallström	Schweden Schweden	S	SPE
Justiz und Inneres	António Vitorino	Portugal Portugal	PS	SPE
Beschäftigung und soziale Angelegenheiten	Anna Diamantopoulou ab März 2004 Stavros Dimas	Griechenland Griechenland	PASOK ND	SPE EVP
Regionalpolitik	Michel Barnier ab April 2004 Jacques Barrot	Frankreich Frankreich	RPR/UMP UMP	EVP EVP
Wirtschaft und Währungsangelegenheiten	Pedro Solbes ab 26. April 2004 Joaquín Almunia	Spanien Spanien	PSOE	SPE

Nach der Erweiterung wurde die Kommission um folgende Kommissare, die von einem anderen Kommissionsmitglied betreut werden, ergänzt:

Ressort	Kommissar	Staat	Nationale Partei	Europäische Partei
Regionalpolitik	Péter Balázs	Ungarn Ungarn	parteilos
Handel	Danuta Hübner	Polen Polen	parteilos
Wirtschaft und Währungsangelegenheiten	Siim Kallas	Estland Estland	ER	ELDR
Entwicklung und humanitäre Hilfe	Joseph Borg	Malta Malta	PN	EVP
Landwirtschaft, ländliche Entwicklung und Fischerei	Sandra Kalniete	Lettland Lettland	JL	EVP
Bildung und Kultur	Dalia Grybauskaitė	Litauen Litauen	parteilos
Erweiterung	Janez Potočnik	Slowenien Slowenien	parteilos
Unternehmen und Informationsgesellschaft	Ján Figeľ	Slowakei Slowakei	KDH	EVP
Haushalt	Markos Kyprianou	Zypern Republik Zypern	DIKO	parteilos
Gesundheit und Verbraucherschutz	Pavel Telička	Tschechien Tschechien	parteilos

• 15. September 1999: Der Machtkampf zwischen EU-Kommission und Parlament – ausgelöst durch den Kommissionsrücktritt im März – ist verschoben worden.
• Noch üben und lernen sie – Die Anhörung der Kommissare im Parlament. In: Die Zeit, Nr. 37/1999