Heterochromie (von griech.: heteros = anders, verschieden, ungleich + chroma = Farbe) steht für:

• Iris-Heterochromie, verschiedene Augenfarben bei einem Individuum
• Haar-Heterochromie, verschiedene Haarfarben bei einem Individuum
• die unterschiedliche Färbung von Zellen oder Geweben in der Labormedizin, siehe Heterochromie (Histologie)