Die Football League Second Division 1896/97 war die fünfte Saison der Football League Second Division als zweithöchste englische Fußballliga. Zweitligameister wurde Notts County und daneben qualifizierte sich auch das zweitplatzierte Newton Heath für die „Testspiele“ genannten Relegationsspiele gegen die zwei in der Tabelle unten rangierenden Erstligisten AFC Sunderland und FC Burnley. Während Newton Heath dort scheiterte, sicherte sich Notts County die Teilnahme an der Eliteliga in der folgenden Saison 1897/98. Die Burton Wanderers nahmen anschließend an der Second Division nicht mehr teil. Daneben mussten noch die Burton Swifts und Lincoln City um den Klassenverbleib bangen, erhielten dann aber allesamt im Wiederwahlverfahren des Ligaverbands jeweils ausreichend viele Stimmen, um in der folgenden Saison 1897/98 erneut an der Second Division teilnehmen zu dürfen. Anstelle von Notts County und der Burton Wanderers nahmen Absteiger FC Burnley und Aufsteiger Luton Town die frei gewordenen Plätze ein.
Vor der automatischen Auf- und Abstiegsregel zwischen der erstklassigen First Division und der zweitklassigen Second Division, die erstmals zum Abschluss der Saison 1898/99 griff, hatten sich potentielle Aufsteiger aus der Second Division in Play-off-gleichen „Testspielen“ zu bewähren. Auch war eine Teilnahme an dem Spielbetrieb abhängig von einem Wahlprozedere des Ligaverbands, der über eine eventuelle Teilnahme eines Vereins zu entscheiden hatte. Auch in der Saison 1896/97 kam es zu Testspielen zwischen den beiden Erstligisten AFC Sunderland und FC Burnley sowie den Zweitligisten Notts County und Newton Heath, woraus Notts County und der AFC Sunderland als die sportlichen Sieger hervorgingen und sich anschließend die jeweils die Majorität der Stimmen des Ligaverbands sicherten.