Am EHF-Pokal 1998/99 nahmen Handball-Vereinsmannschaften teil, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatländern über die Platzierung in der heimischen Liga für den Wettbewerb qualifiziert haben. Der EHF-Pokal wurde diese Saison das sechste Mal ausgespielt. Titelverteidiger aus der Vorsaison war die ungarische Mannschaft Dunaferr SE.

Das komplette Turnier wurde im K.o.-Runden mit Hin- und Rückspielen gespielt, bis zu den Endspielen.

Mannschaft 1	Mannschaft 2	Hinspiel	Rückspiel	Gesamt
Norwegen Tertnes Idrettslag	Finnland Helsinki IFK	10.10.1998	11.10.1998	83 : 28
		41 : 17	42 : 11
		150 Zuschauer	400 Zuschauer
Ungarn Debreceni VSC	Kroatien ŽRK Osijek	04.10.1998	11.10.1998	43 : 34
		18 : 11	25 : 23
		2000 Zuschauer	300 Zuschauer
Slowenien ŽRK Juteks Žalec	Italien Cassano Magnago	03.10.1998	11.10.1998	52 : 46
		32 : 23	20 : 23
		400 Zuschauer	100 Zuschauer
Deutschland Borussia Dortmund	Frankreich ASU Lyon Vaulx en Velin	04.10.1998	11.10.1998	61 : 35
		34 : 15	27 : 20
		800 Zuschauer	800 Zuschauer
Slowakei HK ŠKP Banská Bystrica	Portugal Club Sports Da Madeira	04.10.1998	10.10.1998	73 : 27
		32 : 14	41 : 13
		1000 Zuschauer	250 Zuschauer
Spanien CB Elda Prestigio	Nordmazedonien ŽRK Gevgelija	nicht ausgetragen	nicht ausgetragen	20 : 0
		10 : 0	10 : 0
		- Zuschauer	- Zuschauer
Rumänien Uni Ursus Cluj	Polen GKS Piotrkovia	04.10.1998	10.10.1998	45 : 47
		24 : 19	21 : 28
		1000 Zuschauer	1000 Zuschauer
Griechenland AC Filippos Verias	Belarus Drut Beliniche	04.10.1998	10.10.1998	52 : 48
		27 : 20	25 : 28 n.7m
		300 Zuschauer	100 Zuschauer
Danemark Viborg HK	Osterreich WAT Fünfhaus	03.10.1998	04.10.1998	91 : 23
		47 : 10	44 : 13
		1100 Zuschauer	300 Zuschauer
Belgien Juventus Melveren	Zypern 1960 Anorthosis Famagusta Club	03.10.1998	11.10.1998	67 : 21
		35 : 10	32 : 11
		150 Zuschauer	150 Zuschauer
Ukraine Halytschanka Lwiw	Luxemburg CHEV Handball Diekirch	10.10.1998	11.10.1998	75 : 20
		40 : 8	35 : 12
		100 Zuschauer	100 Zuschauer
Russland Wolgograd AKWA	Niederlande VOC Amsterdam	09.10.1998	11.10.1998	49 : 39
		31 : 19	18 : 20
		110 Zuschauer	100 Zuschauer
Turkei Sağlık Kastamonu	Litauen Pasvalio Svalia	03.10.1998	05.10.1998	81 : 60
		40 : 29	41 : 31
		200 Zuschauer	200 Zuschauer
Jugoslawien Sozialistische Föderative Republik ŽRK Sombor	Schweiz SPONO Nottwil	09.10.1998	11.10.1998	58 : 53
		28 : 27	30 : 26
		500 Zuschauer	300 Zuschauer
Bosnien und Herzegowina RK Jedinstvo Tuzla	Bulgarien Volan Sofia	03.10.1998	04.10.1998	59 : 45
		25 : 24	34 : 21
		500 Zuschauer	799 Zuschauer

Mannschaft 1	Mannschaft 2	Hinspiel	Rückspiel	Gesamt
Russland Wolgograd AKWA	Slowakei HK ŠKP Banská Bystrica	07.11.1998	14.11.1998	49 : 48
		29 : 25	20 : 23
		600 Zuschauer	900 Zuschauer
Griechenland AC Filippos Verias	Deutschland Borussia Dortmund	07.11.1998	15.11.1998	30 : 65
		13 : 30	17 : 35
		300 Zuschauer	480 Zuschauer
Turkei Sağlık Kastamonu	Norwegen Tertnes Idrettslag	14.11.1998	15.11.1998	46 : 75
		21 : 43	25 : 32
		650 Zuschauer	450 Zuschauer
Jugoslawien Sozialistische Föderative Republik ŽRK Sombor	Polen GKS Piotrkovia	13.11.1998	15.11.1998	41 : 57
		23 : 29	18 : 28
		1000 Zuschauer	1000 Zuschauer
Belgien Juventus Melveren	Ungarn Győri Graboplast ETO	14.11.1998	15.11.1998	26 : 77
		16 : 41	10 : 36
		1000 Zuschauer	800 Zuschauer
Bosnien und Herzegowina RK Jedinstvo Tuzla	Spanien CB Elda Prestigio	07.11.1998	08.11.1998	32 : 74
		16 : 36	16 : 38
		1100 Zuschauer	800 Zuschauer
Danemark Viborg HK	Ungarn Debreceni VSC	07.11.1998	15.11.1998	50 : 37
		30 : 12	20 : 25
		1010 Zuschauer	1800 Zuschauer
Ukraine Halytschanka Lwiw	Slowenien ŽRK Juteks Žalec	14.11.1998	15.11.1998	52 : 51
		27 : 29	25 : 22
		400 Zuschauer	600 Zuschauer

Mannschaft 1	Mannschaft 2	Hinspiel	Rückspiel	Gesamt
Deutschland Borussia Dortmund	Danemark Viborg HK	27.02.1999	06.03.1999	45 : 60
		21 : 29	24 : 31
		620 Zuschauer	1600 Zuschauer
Ukraine Halytschanka Lwiw	Polen GKS Piotrkovia	28.02.1999	07.03.1999	46 : 54
		24 : 31	22 : 23
		500 Zuschauer	1000 Zuschauer
Norwegen Tertnes Idrettslag	Russland Wolgograd AKWA	28.02.1999	06.03.1999	51 : 49
		27 : 22	24 : 27
		300 Zuschauer	500 Zuschauer
Ungarn Győri Graboplast ETO	Spanien CB Elda Prestigio	28.02.1999	06.03.1999	58 : 42
		29 : 19	29 : 23
		2200 Zuschauer	1000 Zuschauer

Mannschaft 1	Mannschaft 2	Hinspiel	Rückspiel	Gesamt
Norwegen Tertnes Idrettslag	Danemark Viborg HK	10.04.1999	17.04.1999	51 : 65
		25 : 36	26 : 29
		1400 Zuschauer	3700 Zuschauer
Polen GKS Piotrkovia	Ungarn Győri Graboplast ETO	10.04.1999	18.04.1999	50 : 58
		29 : 28	21 : 30
		1200 Zuschauer	2500 Zuschauer

Es nahmen die zwei Sieger aus dem Halbfinale teil. Das Hinspiel fand am 9. Mai 1999 statt. Das Rückspiel fand am 15. Mai 1999 statt.

Mannschaft 1	Mannschaft 2	Hinspiel	Rückspiel	Gesamt
Ungarn Győri Graboplast ETO	Danemark Viborg HK	09.05.1999	15.05.1999	45 : 49
		24 : 21	21 : 28
		2500 Zuschauer	4400 Zuschauer

• EHF Champions League der Frauen 1998/99
• EHF-City-Cup der Frauen 1998/99

• EHF-Pokal auf der offiziellen Seite des EHF (engl.)