Der AFC Cup 2009 war die sechste Ausgabe des von der Asian Football Confederation (AFC) ausgetragenen AFC Cups. Im Zuge einer Restrukturierung und Aufwertung der AFC Champions League nach neuen Kriterien erhielt auch der AFC Cup ab dem Jahr 2009 ein anderes Gesicht als in den Jahren zuvor.
Aufgrund der Veränderungen und Neuerungen nehmen erstmals Vereine aus dem Irak und Kuwait teil. Syrische Mannschaften waren das erste Mal seit 2004 wieder im Wettbewerb vertreten.
Gruppenphase
In der Gruppenphase spielten 32 Mannschaften in acht Gruppen mit jeweils vier Teams im Ligamodus (Hin- und Rückspiel) nach der Drei-Punkte-Regel. Dabei wurden die Mannschaften nach geographischen Gesichtspunkten aufgeteilt: In den Gruppen A bis E spielten Teams aus West- und Zentralasien, in den Gruppen F bis H traten Mannschaften aus Ost- und Südostasien an. Die beiden Gruppenersten qualifizierten sich für die Finalrunde der letzten 16.
Finalrunde
Das Achtelfinale wurde ausgelost und in nur einem Spiel entschieden. Ab dem Viertelfinale wurde im K.-o.-System mit Hin- und Rückspiel der Turniersieger ausgespielt, wobei die Auswärtstorregel galt. Steht auch im Rückspiel und/oder Endspiel nach regulärer Spielzeit und Verlängerung kein Sieger fest, wurde der Sieger im Elfmeterschießen ermittelt.
Erstmals wurde das Finale in nur einem Spiel ausgetragen. Austragungsort war das Heimstadion eines der beiden Finalisten.
* Diese Vereine waren ursprünglich für die Qualifikation der AFC Champions League 2009 startberechtigt, konnten aber nicht die erforderlichen Kriterien der AFC Champions League erfüllen.
** Diese Vereine schieden in der Qualifikation zur AFC Champions League 2009 aus.
Die Gewinner des Achtelfinales wurden nur in einem Spiel ermittelt. Die Spiele in Westasien fanden am 26. Mai, die Spiele in Ostasien am 23. Juni 2009 statt.