Die Liga war vor Saisonbeginn in zwei Staffeln (Nord und Süd) von jeweils sechzehn Mannschaften aufgeteilt. Die Saison wurde in der jeweiligen Staffel im Rundenturnier-Modus „Jeder gegen Jeden“ mit Hin- und Rückspiel gespielt. Die Meister der beiden Staffeln stiegen in die Basketball-Bundesliga 2006/07 auf, während die beiden jeweils schlechtesten Mannschaften der Abschlusstabelle in die jeweiligen Regionalligen abstiegen.
Während Südmeister ratiopharm Ulm nach nur einer Saisonniederlage beim BV Chemnitz 99 aufsteigt, gelingt Nordmeister Schröno Paderborn Baskets eine perfect season, wie es auch in der Gruppe Nord schon dem TSV Quakenbrück in der 2. Basketball-Bundesliga 2002/03 gelungen war. Die Paderborner nehmen für sich in Anspruch, saisonübergreifend 50 Siege in Folge erzielt zu haben, und waren seit dem 3. Dezember 2004 in der zweiten Liga ungeschlagen.[1]
Der finanziell angeschlagene Erstliga-Absteiger Mainfranken Basket wird nach nur einem Saisonsieg am viertletzten Spieltag über den TV Langen in die Regionalliga durchgereicht.
Nach Unstimmigkeiten hinsichtlich zukünftiger Aufstiegsregelungen in die erste Liga BBL[2] beschließen die Liga-Organisationen von BBL und 2. BBL gemeinsame Gespräche, die später in die Einführung einer eingleisigen 2. Basketball-Bundesliga ab 2007 münden sollten.[3]
2Die COOCOON Baskets Weiden mussten aus finanziellen Gründen ihren Lizenzantrag für die darauffolgende Spielzeit zurückziehen und profitierten daher nicht von der Aufstockung der ersten Bundesliga.